Впервые храм упоминается в 1510 году. В 1737–1739 гг. храм Всемилостивого Спаса перестроен с деревянного трехпрестольного на каменный однопрестольный.

Вскоре после революции усадьба Шереметевых была национализиро- вана, и в ней организован музей. В его ведение был передан закрытый в 1930 году храм Всемилостивого Спаса в Кускове.

В 1991 году для посетителей музея приходской храм Всемилостивого Спаса в Кускове был открыт как «домовая церковь усадьбы Кусково». 17 декабря 2010 года храм был передан Русской Православной Церкви.